Принципи організації програмно-цільового управління у загальному вигляді можна визначити як теоретичні імперативи, що відображають об'єктивні вимоги, виконання яких забезпечує продуктивну реалізацію економіко-організаційного потенціалу названого виду управління. Вважаємо, що організація програмно-цільового управління розвитком муніципальних утворень ґрунтується на поєднанні загальних, особливих та приватних принципів. На думку, загальні принципи мають два рівня прояви. На першому – реалізуються принципи організації управління системами будь-якої природи – технічними, біологічними, соціально-економічними. У тому числі слід виділити принципи зворотний зв'язок, необхідного і достатнього розмаїття. На другому рівні — принципи управління соціально-економічними системами, тобто системами, в яких суб'єктом та об'єктом організаційного впливу виступають люди, колективи людей.