Дія роману відбувається в Центральній Європі XVI століття (переважно у Фландрії), розколотою релігійним конфліктом і стрясається війнами. Головний герой - Зенон Лігр, алхімік, лікар і натураліст. Оригінальна назва роману - Чорна стадія (або Стадія чорніння) - найменування першого і найскладнішого ступеня алхімічного процесу - Великого діяння. Суть Чорної стадії полягає в «поділі та розкладанні субстанції» до стану якоїсь аморфної «чорної маси» першоелементів, в якій, як у первісному хаосі, приховані всі потенції. рутини та забобонів. Зенон проходить свою «чорну стадію» на тлі жахів Європи епохи релігійних воєн. Більшість персонажів роману гинуть болісною смертю, часті описи жорстокостей того часу. Своєрідною вставною новелою в романі яскраво і жорстко зображено діяльність "мюнстерського короля" Яна Лейденського та його поплічників, трагедія Мюнстера, який загинув безумством фанатиків, і кривавий фінал анабаптистської секти.