Між людьми та Альянсом, до якого увійшла більшість рас, почалася глобальна війна. Люди змушені відступати – для перемоги потрібні нові технології. Загін «флібустьєрів» вирушає на зустріч із мисливцем за артефактами в Аномальних Зонах, але через зраду союзників люди потрапляють в інший світ (Гілка Фенікса), який населяють нащадки з корабля «Фенікс», що зник під час Виходу. Замість того, щоб допомогти їм повернутися додому, їх хочуть ліквідувати як можливу загрозу.

У результаті боротьби за виживання «флібустьєри», які залишилися живими, стали натуральними піратами, таки повертаються додому на захопленому бойовому кораблі, який увібрав у себе артефакти стародавнього народу та новітні технологічні розробки людей з Гілки Фенікса.