«Проти Апіона» написано Йосипом після двох інших найзначніших своїх творів. Це дозволило йому там, де необхідно, спиратися на авторитет власних праць (у доказі достовірності зображення подій і правомірності історичного методу) і посилатися більш докладні виклади потребують дослідження питань. Однак твір повністю незалежний і цілісний, оскільки автор мав особливу мету. «Іудейські давнини» мали переважно позитивний зміст і, мабуть, були надто докладні та об'ємні для скільки-небудь широкого кола читачів. У творі «Проти Апіона» Йосип вирішив говорити коротко, вдавшись до дієвішого жанру апології і ще точніше вгадуючи еллінський здоровий глузд. Переважна давнина походження була чи не єдиною підставою, на якій можна було сформувати у читачів неупереджене ставлення до співвітчизників автора. Всі інші переваги єврейського народу набагато швидше можна було визнати за дотримання цієї умови. «Проти Апіона» — найдавніша апологія євреїв, що збереглася. Сам жанр за необхідністю виразно виявляє позицію автора, який відкрито виступив на боці свого народу і не зробив жодних поступок ні грекам, ні римлянам (якщо не брати до уваги в деяких випадках поважний тон по відношенню до останніх), ні тим більше єгиптянам. Головна думка проведена неухильно і навіть різко - єврейський народ спочатку самобутній, його закон за всіма основними статтями перевершує всі інші законодавства, його поняття Єдиного Бога єдино вірно. Це визначило стрункість та прямолінійність плану.