Роман написаний у 1892—1893 роках; 2 березня 1892 Кравчинський робить замітку в записнику: «Сів за роман штундистський», а 16 жовтня 1893: «Читав увечері роман і визнали закінченим». Спочатку він був задуманий як колективний твір Кравчинського та англійки Хесби Стреттон (псевдонім письменниці Сари Шміт), автора ряду романів та повістей а морально-християнському дусі. Про історію створення «Штундиста Павла Руденка» дружина письменника, Ф. Степняк, пізніше писала: «Коли російський уряд з особливою старанністю почав переслідувати штундистів... англійські газети були повні відомостей про обурливі знущання, над мирними сектантами, і англійське суспільство сильно обурювалося проти безчинств, вироблених Побєдоносцевим та компанією. У цей час одна англійська письменниця... з'явилася до Сергія Михайловича з пропозицією написати разом роман із життя переслідуваних штундистів»