У лякаюче правдоподібній історії нова незалежна держава виникає внаслідок Китайської демократичної революції та падіння Радянської імперії. Ця держава називає себе Великою Маньчжурією і має ядерну зброю завдяки новому лідеру. Він також знаходиться в безпосередній близькості від Японії, яка відчула себе покинутою Заходом. Для того, щоб запевнити свою громадськість, що Велика Маньчжурія ніколи не використає свою зброю проти Японії, японці виконують план, який передбачає запуск нової та нищівної зброї, відомої як Скорпіон. Проте японський план має більше, ніж військові наслідки, оскільки всесвітнє обурення нападом Японії провокує ООН заблокувати країну, яка залежить від торгівлі. Але Японія вирішує знищити блокаду і робить це, використовуючи свій переважаючий флот підводних човнів і ескадру винищувачів Firestar. Адмірал Майкл Пачіно повертається в якості радника капітана Девіда Кейна, чия «місія нездійсненна» полягає в тому, щоб потопити японський підводний флот. «Баракуда, останній напрямок» — це абсолютно точне представлення ветерана військово-морського офіцера підводного бою, як зараз, так і в тому вигляді, в якому напевно існуватиме в найближчому майбутньому.