Чотири солдати-клони діють під самим носом у своїх ворогів під час місії з саботування дослідницького центру нановірусів на контрольованій сепаратистами планеті. Комадно переважають чисельністю та озброєнням, вони глибоко в тилу ворога без підкріплення — і працюють із незнайомцями замість довірених товаришів по команді. Ситуація не покращується, коли Дарман, експерт із підривників загону, виявляється відрізаним від інших під час падіння планети. Навіть очевидна удача Дарман у зустрічі з джедаєм-Падаваном зникає, коли вона зізнається у своїй жалюгідній недосвідченості.

Для ізольованих командос-клонів і джедаїв, які опинилися на мілині, чекає довга, небезпечна подорож через ворожу територію, наповнену трансдошанськими работорговцями, Сепаратисти, та підозрілі туземці. Один помилковий крок може означати відкриття... і смерть. Це місія віртуального самогубства для будь-кого, крім Republic Commandos.